Vườn quốc gia Hoàng Liên được chọn là một Trung tâm đa dạng của các loài thực vật trong Chương trình bảo tồn các loàì thực vật của Hiệp hội Bảo vệ Thiên nhiên Thế giới (IUCN). Vườn cũng được Quỹ môi trường toàn cầu được xếp vào loại A, cao cấp nhất về giá trị đa dạng sinh học của Việt Nam. Qua điều tra thực địa và kết quả giám định lập danh lục thu được, hiện VQG Hoàng Liên có 2.847 loài thực vật bậc cao có mạch, thuộc 1.064 chi của 229 họ, trong 6 ngành thực vật.
Thảm thực vật và hệ thực vật VQG Hoàng Liên là một điển hình khá đầy đủ về sự phân hóa theo đai cao của lãnh thổ. Do những tính chất đặc biệt của địa hình và khí hậu, thảm thực vật và hệ thực khá phong phú mang nhiều nét đặc thù riêng. Ở đây tồn tại các thành phần thực vật á nhiệt đới và ôn đới núi cao có sự xâm nhập khá rõ nét của yếu tố nhiệt đới. Tuy nhiên hiện nay thảm thực vật và hệ thực vật này đã bị biến đổi vô cùng sâu sắc so với trạng thái nguyên sinh của nó. Những trạng thái rừng nguyên sinh hoặc ít bị tác động chỉ còn tồn tại trên những chỏm núi cao hiểm trở, chủ yếu ở độ cao trên 2.400m hoặc những đám riêng biệt với diện tích nhỏ nằm rải rác trong vùng.
.jpg)
Trên cơ sở hệ thống phân loại thảm thực vật rừng Việt Nam của Thái Văn Trừng (Những hệ sinh thái rừng nhiệt đới ở Việt Nam – 1998), thảm thực vật rừng ở VQG Hoàng Liên có thể chia thành 04 kiểu chính: Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi thấp; Kiểu rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi thấp; Kiểu rừng kín thường xanh, ẩm ôn đới núi vừa và Kiểu rừng ôn đới núi cao, lạnh. Trên cơ sở phân loại thảm thực vật của UNESCO thảm thực vật VQG Hoàng Liên được phân thành 13 Phân quần hệ, 10 quần hệ, 8 nhóm quần hệ, 7 Phân lớp quần hệ thuộc 4 lớp quần hệ cùng với thảm nhân tác.
.jpg)
Chính sự đa dạng về Thảm thực vật và hệ thực vật mà du lịch tham quan rừng già ở VQG Hoàng Liên có sự hấp dẫn riêng, không chỉ những nhà khoa học có chuyên môn sâu về thực vật mà kể cả du khách yêu thích thiên nhiên. Có thể kể đến các điểm rừng già có những thảm thực vật nguyên sinh ít bị tác động của con người như Khu Rừng cây Rẻ cổ thụ (2.100m), Rừng Chè Cổ thụ, quần thể cây Trâm ổi (2.146m), Đỗ quyên Cành Thô (2.700m), Đỗ quyên Quang Trụ (2.715m), Vân Sam (2.600m), Thiết sam (2.829m), Hồng Quang (2.676m)…trên tuyến leo núi chinh phục đỉnh Fansipan. Rừng Pơ Mu ở thôn Tả Trung Hồ xã Bản Hồ, thôn Dền Thàng xã Tả Van…. Tuổi trung bình của quần thể ở đây vào khoảng 300-400 năm tuổi, thậm chí có cây Trâm ổi chu vi lên đến trên 400 cm; đường kính 127,4 cm; chiều cao 35 m, ước gần 900 năm tuổi.
.jpg)
Trâm ổi ( Hồ mộc tây tạng) - Cây di sản Việt Nam ở VQG Hoàng Liên
.jpg)
Vân sam Fansipan (Sam lạnh) - Cây di sản Việt Nam ở VQG Hoàng Liên
.jpg)
Dẻ Fansipan
.jpg)
Khu rừng Đỗ quyên cành thô